La cuenca del Río Reconquista es, junto a la del Matanza-Riachuelo, el cauce fluvial más contaminado del país. Desde su nacimiento en el Dique Roggero atraviesa un total de 18 partidos del oeste y norte del conurbano bonaerense (Tigre, San Fernando, San Isidro, Vicente López, General San Martín, San Miguel, Malvinas Argentinas, José C. Paz, Tres de Febrero, Hurlingham, Ituzaingó, Morón, Moreno, Merlo, General Rodríguez, Luján, Marcos Paz y General Las Heras) donde hay instaladas alrededor de 14.000 industrias y habitan cinco millones de personas, de las cuales más de un millón (el 32% no tiene agua de red y el 61% no cuenta con cloacas) se ven afectadas por la contaminación.

Cuando el río nace en el Dique Roggero registra una baja polución y un nivel normal de oxígeno disuelto en el agua. Esta tendencia es común en todo lo que se denomina “el primer tramo” que llega hasta el Puente Cascallares. A partir de allí comienza el “segundo tramo” que sigue hasta Bancalari.

En este tramo el río recibe directamente o a través de los arroyos y otros cursos de agua desechos cloacales de domicilios particulares mediante vertederos clandestinos o empresas de desechos (camiones atmosféricos). También en esta zona se ve claramente la presencia de basurales clandestinos en la ribera del río y el vertido de sustancias contaminantes con escaso o nulo tratamiento previo por parte de diversas industrias, frigoríficos, laboratorios que producen pesticidas, papeleras, la tabacalera Massalin Particulares (parte de la multinacional Phillip Morris) cuyas vertientes de su planta en Merlo son visibles desde las vías del Ferrocarril Sarmiento, textiles y petroquímicas entre otros. Estas características se redoblan cuando el Arroyo Morón, uno de los principales cursos de agua menores de la cuenca, desemboca en el río.

También entre la desembocadura del Arroyo Morón y Bancalari comienza la zona en que una gran parte de los terrenos adyacentes al río es utilizada por el CEAMSE para descargar desechos domiciliarios. En este tipo de rellenos sanitarios se genera el lixiviado (líquido ácido con altas concentraciones de iones metálicos, contaminantes orgánicos, nitrógeno amoniacal y otros tóxicos) que contamina las napas subterráneas y al río mismo.